# 各解剖结构亚区分割

目前在recon-all中进行亚区分割的指令已经deprecated

## 分别进行亚区分割的命令

[Segmentation of hippocampal subfields and nuclei of the amygdala (cross-sectional and longitudinal)](https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/HippocampalSubfieldsAndNucleiOfAmygdala)

[Brainstem Substructures](https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/BrainstemSubstructures)

[Segmentation of thalamic nuclei](https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ThalamicNuclei)

这三个单独运行的话需要matlab runtime，具体安装过程可以参考：
[FreeSurfer 7.4.1: error with matlab compiler runtime](https://github.com/orgs/NeuroDesk/discussions/392)

但注意，需要安装在freesurfer/<version>下，而不是freesurfer下，最后需要修改目录名称为MCRv97。还需要设置环境变量，但设置之后似乎和freeview需要的LD_LIBRARY_PATH冲突。

以上三个整合为了：
[Subregion Segmentation (currently a BETA version)](https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/SubregionSegmentation)

要求freesurfer 7.3以上，且海马亚区分割不支持加入T2w。但个人在WSL使用后发现这个脚本不稳定。

以上三个还有一个用于提取各被试结果的脚本

[Script to concatenate volumetric measurements from subregion segmentation modules](https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/ConcatenateSubregionsResults)

但个人觉得作用不大

[Segmentation of hypothalamic subunits](https://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/fswiki/HypothalamicSubunits)