BIDS与dcm2bids使用过程记录

关于BIDS格式：脑影像文件的整理格式。最早接触到BIDS其实是在用ExploreASL的时候，但ExploreASL对BIDS格式的要求并不严格。后来用各种管道式预处理软件（fMRIPrep，QSIPrep，ASLPrep）的时候，才认真地学习了如何整理标准的BIDS格式。

我在学习fMRIPrep的时候，参照了这个教程fMRIPrep_Tutorial，所以我只试过用dcm2bids进行BIDS格式的整理（Windows 10）。

dcm2bids

如前所述，参照的是上面提到视频的后半部分fMRIPrep_Tutorial。dcm2bids的关键就是创建符合自己数据集的config文件，涉及到不同的模态有相应的规范，还是建议参考How to create a configuration file和Magnetic Resonance Imaging。

对上述视频中教程的一些补充：

• 需要修改的utils.py文件和视频中的位置不同（应该是dcm2bids版本不同的原因），但我进行的修改相同。

• 官方文档中推荐将config文件放在code文件夹下

BIDS validator

在使用各种Prep时，默认的第一步是检查BIDS格式。如果出现报错的话我喜欢用网页版的BIDS Validator检查BIDS格式是否符合规范，比较快捷方便。