Bullseye Parcellation WMH使用过程记录

前言

参考：

准备工作

可能需要修改的地方（Ubuntu 22.04 + Freesurfer 7）：

注意：需要调用Freesurfer的文件夹，所以要和Freesurfer安装在一个环境

  • 安装时候的问题（执行python setup.py install）时：Problem Installing。找到下载或者clone的文件夹，修改这两个文件

    • __init__.py：添加from .bullseye_pipeline import create_bullseye_pipeline

    • bullseye_pipeline.py：将from utils import *改为from .utils import *（将注释的行换一下就行）

  • 运行时报错：因为这个包没有写对环境的要求，但我的nibabel和numpy的版本高一些，他们分别的nib.get_data()和np.bool已经被弃用。

    • nibabel.deprecator.ExpiredDeprecationError: get_data() is deprecated in favor of get_fdata(), which has a more predictable return type. To obtain get_data() behavior going forward, use numpy.asanyarray(img.dataobj).：找到安装位置（比如anaconda的site-packages中）下的utils.py文件，将其中的nib.get_data()都改为nib.get_fdata()，一共10处，注意不要改成了nib.header.get_data_shape()。

    • `np.bool` was a deprecated alias for the builtin `bool`. To avoid this error in existing code, use `bool` by itself. Doing this will not modify any behavior and is safe. If you specifically wanted the numpy scalar type, use `np.bool_` here.：类似前者，将norm_dist_map函数中np.bool替换为np.bool_，一共2处。

    • ValueError: invalid literal for int() with base 10: '4.01.0'：完成上面两处修改后会出现这个问题，或许和nib.get_fdata()有关？类似前者，在merge_labels函数中out[mask3] = int(str(u1) + str(u2))一行上面增添： u1 = int(u1) u2 = int(u2) 以去除小数。

运行

时隔一段时间，发现重新安装实在是困难（python2.7早已经被弃用，相应的依赖版本也已经太老），所以可以按照上面的修改修改文件夹内的源文件（但不用修改from utils import *），然后直接调用run_bullseye_pipeline.py这个脚本文件，而不按照官方文档安装。

经过测试可以适用于Freesurfer 8.0.0-beta的输出（官方文档中测试于Freesurfer 6，但依赖的那些文件应该是各个版本都有的）