LXG的神经影像学习笔记

欢迎来到我的神经影像学习笔记！这里记录了我的神经影像学习过程，希望对你有所帮助！

我的其他资料

• Zotero文献库
• Zotero数据和附件同步

Basic Imaging Process

• WSL使用注意事项/踩坑
  • WSL移动VHDX位置
  • WSL修改内存大小
  • WSL VHDX文件过大
  • 启动WSL提示分发错误
  • WSL2适配CUDA
  • WSL安装matlab
  • WSL使用GUI
• 图像重采样、配准等
  • 重采样（Resample）
  • 配准（Registration/Normalization）
• 空间模版（Todo）
• BIDS与dcm2bids使用过程记录
  • dcm2bids
  • BIDS validator

freesurfer

• 各解剖结构亚区分割
  • 分别进行亚区分割的命令

VBM/SBM

• Surface-based morphology
  • Connectome Workbench
  • FreeSurfer
  • FastSurfer
  • CAT12

CSVD

• Freesurfer WMH-SynthSeg使用过程记录
  • Step 0：准备
  • Step 1：选择合适的Freesurfer7的开发版本
  • Step 2：安装Freesurfer的开发版本
  • Step 3：配置WSL2 Ubuntu的Cuda和Pytorch
  • Step 4：正常调用WMH-SynthSeg
  • Step 5：结语
• Bullseye Parcellation WMH使用过程记录
  • 前言
  • 准备工作
  • 运行

Imaging Transcriptomics

• 人脑成像转录组学（Imaging Transcriptomics）学习
  • PHASE 1: PROCESSING TRANSCRIPTIONAL ATLAS DATA
  • PHASE 2: RELATING EXPRESSION AND NEUROIMAGING MEASURES
  • PHASE 3: EVALUATING GENE SPECIFICITY AND ENRICHMENT
• 人脑成像转录组学（Imaging Transcriptomic）分析实践
  • 1. 前言
  • 2. 获取脑区-基因表达矩阵
  • 3. 结合影像数据进行分析
  • 4. GSEA
  • 5. Spatial null models
  • Todo

dMRI

• DTI处理
  • FDT
• QSIPrep使用过程记录
  • 前言
  • BIDS format
  • QSIPrep command
  • 结果检查
• QSIPrep加速DSI预处理
  • 3dSHORE
  • DRBUDDI
  • 其它可以尝试的参数
• 纤维束空间转换

QSM

• SEPIA使用过程记录
  • QSM的基本原理
  • SEPIA 101 - First QSM with SEPIA
  • One-step处理
  • Analysis模块

fMRI

• fMRI预处理
  • Multiband (MB)
  • fMRIPrep
  • CONN
  • dpabi
• GCA (Granger因果分析)

脑网络/Network Neuroscience

• Brain Network Communication
  • 背景 & 从图论到脑网络通信
  • 脑网络通信模型分类
  • 现在和未来的应用
  • 前景和推荐
• Robustness and Resilience
• 图嵌入/梯度/Network Diffusion Model (NDM)
  • 拉普拉斯特征映射（Laplacian Eigenmaps，LE）
• Epicenter （震中/震源模拟）
  • 参考的文章